W trwającej od 23 maja 1618 roku wojnie, która zaangażowała wszystkie mocarstwa europejskie, książę pomorski Bogusław XIV próbował zachować neutralność. Z politycznego punktu widzenia nie było to takie proste.

Księstwo Pomorskie było niemal bezbronne. W 1626 roku, pomimo dyplomatycznego sprzeciwu księcia, przez jego tereny przedarł się oddział szwedzki. W związku z tym, w sierpniu 1627 roku, dla obrony księstwa powołano 1200 muszkieterów. Z militarnego punktu widzenia było to bez znaczenia. W listopadzie 1627 roku, generał Jan Jerzy Arnim (von Arnheim) zmusił Bogusława XIV do podpisania zgody na zakwaterowanie swoich wojsk na Pomorzu Zachodnim. Fakt ten przeszedł do historii jako Kapitulacja we Franzburgu.

W ramach tzw. Kapitulacji we Franzburgu, na Pomorze Zachodnie wkroczyła armia cesarska w sile 8 pułków pod dowództwem generała Jana Jerzego Arnima. 30 listopada 1627 roku do Kołobrzegu wkroczył pułk pod dowództwem ppłk. Fünfkircha, rozpoczynając okupację miasta i jego fortyfikowanie (przeczytaj o budowie fortyfikacji Twierdzy Kołobrzeg).

To, co wyprawiała soldateska w mieście, przeszło do historii. Ppłk Fünfkirch spalił 5 kościołów, co zapisało się na kartach kronik jako nomen omen. Od czerwca do września 1630 roku w mieście szalała zaraza, która osiągnęła żniwo w skali 3500 ludzi, zarówno kołobrzeżan, jak i żołnierzy cesarskich. Wreszcie, 11 września 1630 roku w mieście wybuchł ogromny pożar, który strawił południowo-zachodnią część miasta, razem 128 domów z Domem Żeglarza na czele. Przyczyną pożaru, jak podaje H. Kroczyński, był wystrzał żołnierza cesarskiego w słomę w domu Hansa Boltena. Dali się więc okupanci mieszkańcom we znaki, ale była to sytuacja znana nie tylko w Kołobrzegu. Bogusław XIV wystosował w 1630 roku skargę do cesarza Ferdynanda II w tej sprawie. Czytamy w niej m.in. „Zabiera się ludziom wszystko, aż do ostatniej koszuli na grzbiecie, jak to czyni pułkownik Canti w Stargardzie. Okropne zuchwalstwa nie omijają i służby bożej, gdzie żołnierze przeszkadzają nie tylko w nabożeństwach, ale również rabują kościoły, otwierają groby w celach rabunkowych. Książęca władza i dochody zostały już tak ograniczone, że książęcy stół ma mniej do dyspozycji, niż przeciętny kapitan z armii Walensteina. Wobec poddanych księcia żołnierze dopuszczają się wszelkich bezeceństw, gwałcąc kobiety i panny, a często nawet nie szczędząc i trupów. Nie mniej dotkliwie objawia się gniew żołnierzy w postaci pożarów, plądrowania i wymierzania kar chłosty. Przez rekwizycję środków żywnościowych ludzie zostali wtrąceni w taką nędzę i w tak straszliwy głód, że muszą się żywić nienaturalnymi potrawami, jak wywary z różnego zielska, pąki traw i drzew. W kilku wypadkach doszło do tego, że żywiono się mięsem ludzkim, a jedna matka, by nasycić się mięsem, zabiła i ugotowała własne dziecko. Wszystkie te rzeczy spowodowane zostały przez postępowanie wojska cesarskiego, z którym ani poganie, ani Turcy równać się w tej mierze nie mogą, a nawet sam diabeł we własnej postaci z piekła rodem nie mógłby być gorszy” (za „Kroniką Kołobrzegu” H. Kroczyńskiego).

Po wielu zabiegach politycznych pomiędzy Szwedami a Francją i Brandenburgią, do wojny przystąpili Szwedzi. Umęczone Księstwo Pomorskie zostało zmuszone do zawarcia sojuszu z Gustawem II Adolfem. W drugiej połowie 1630 roku wojska szwedzkie otrzymały rozkaz zdobycia Kołobrzegu. Już 20 września pod miastem pojawił się oddział szwedzki pod dowództwem pułkownika Baudissina. Wojska oblężnicze zaczekały na uzupełnienie sił, co nastąpiło w październiku i przystąpiły do oblężenia miasta, otoczonego nie tylko średniowiecznym murem, ale również zaczątkiem fortyfikacji nowożytnych. Nadzór nad oblężeniem sprawował dowódca wojsk szwedzkich na Pomorzu Zachodnim – marszałek Gustaw Karlsson Horn. Załogą Kołobrzegu dowodził graf St. Julian. Niestety, jego mgliste doświadczenie w takiej sytuacji, wobec sprytnej strategii wojsk oblężniczych, polegającej na pozorowanych atakach nocnych, doprowadziło do wystrzelania amunicji. Brak kul i szerzący się głód zmusił wojska cesarskie do negocjacji. W ich wyniku, 2 maja 1631 roku do miasta weszły oddziały szwedzkie pod dowództwem Gustawa Horna. Nowego okupanta mieszkańcy witali z radością. Wychodzili z założenia, że nic gorszego niż katolickie wojska cesarskie spotkać ich nie może. I faktycznie, jak podają historycy, w 500-osobowym oddziale szwedzkim dbano o karność. Jeden z żołnierzy, na którego konto zapisano wykroczenie przeciwko mieszczaninowi, został rozstrzelany.

Taka polityka przynosiła oczekiwane owoce, jej efektem był porządek w mieście i dobre stosunki mieszkańców z dowództwem szwedzkim. Jak podaje H. Kroczyński, gdy w 1643 roku pod Kołobrzegiem stanęły wojska cesarskie w sile 4 tysięcy dragonów pod dowództwem gen. Joachima Ernesta von Krockowa, ten próbował przekupić mieszczan, aby poddali miasto. Ci jednak dobrze pamiętali o krzywdach, jakich doznali od wojsk cesarskich i pozostali pod dowództwem szwedzkim. Warto podkreślić, że Szwedzi intensywnie fortyfikowali Kołobrzeg, tworząc na zewnątrz średniowiecznych murów miejskich wielobok bastionowy typu niderlandzkiego.

24 października 1648 roku wojna 30-letnia dobiegła końca. W ramach pokoju westfalskiego omawiano polityczne losy Pomorza Zachodniego, wobec bezpotomnej śmierci w 1637 roku księcia pomorskiego Bogusława XIV. Polskę podczas negocjacji pokojowych reprezentował pomorski dyplomata Maciej Krockow-Krokowski, tytularny proboszcz kołobrzeskiej kolegiaty, który w imieniu króla Władysława IV zgłaszał polityczne pretensje do wschodniej części księstwa, które zostały zlekceważone. Uznano, że zarówno król szwedzki jak i elektor brandenburski mają prawo posługiwania się insygniami książęcymi władców Pomorza. Król szwedzki otrzymał Pomorze Przednie, a elektor brandenburski Pomorze Tylne. Jednakże Kołobrzeg był szwedzką enklawą na brandenburskiej części Pomorza. Pomiędzy Szwecją i Brandenburgią trwały rokowania w tej sprawie. W ramach porozumienia, Kołobrzeg przypadł Brandenburgii.



16 czerwca 1653 roku miasto przejął oddział brandenburski pod dowództwem generała Otto Christofa von Sparr. Przedstawiciele wielkiego elektora weszli do miasta Bramą Kamienną, a Szwedzi wyszli Bramą Młyńską. Obraz zniszczeń ustępuje w całej historii miasta wyłącznie tym z marca 1945 roku. Kompletnie zniszczony Kołobrzeg, nie tylko oblężeniami, ale również pożarami (ostatni w 1646 roku), sprawiał przygnębiające wrażenie. Ale wielki elektor widział nowy potencjał miasta i jego fortyfikacji, dlatego w 1653 roku nadano miastu status twierdzy. Pierwszym gubernatorem twierdzy mianowano generała artylerii Otto Chtistoffa von Sparr, a komendantem pułkownika Bogusława von Schwerin. Kołobrzeg został również stolicą Provinz Pommern. Prezydentem Zarządu Pomorza został Ewald von Kleist.