Od początków istnienia Twierdzy Kołobrzeg, miała ona jeszcze jedną funkcję: tu organizowaną brandenburską flotę wojenną, tu budowano statki i tu one cumowały. Państwo Fryderyka Wilhelma I miało duże ambicje morskie.

Na początku, okrętom brandenburskim wyznaczono za zadanie obronę wybrzeża przed atakami Szwedów. Flotą dowodził Holender, Beniamin Raule. To on decydował nie tylko o budowie, ale również o zakupie statków. Początkowo była to flota kaperska. Dowództwo floty unzało, że Brandenburgia powinna mieć, tak jak inne europejskie potęgi, kolonie zamorskie. W 1680 roku z Kołobrzegu wypłynął okręt "Morian" pod dowództwem Filipa Pietersena Bloncka. Jak pisze H. Kroczyński, dotarł do Gwinei, skąd przywiózł 100 funtów złota i 10 tysięcy funtów kości słoniowej.

Raule odnosił także sukcesu militarne. Dla przykładu, 28 maja 1676 roku, flota brandenburska osaczyła i zmusiła do poddania się szwedką fregatą z 22 działami. Okręt "Leopard" - bo tak się nazywał, został wprowadzony do kołobrzeskiego portu przy owacjach mieszkańców i żołnierzy garnizonu. Ale w okresie późniejszym, flota zajęła się przewozem i handlem niewolnikami - nie jest to na pewno chlubny fragment historii Brandenburgii.

W Kołobrzegu na Załężu powstała stocznia wojenna. Mistrzem budowy okrętów został przybyły tu w 1677 roku Holender Gillis C. Peckelhering. Zorganizował on i kierował budową statków dla floty brandenburskiej. Tak powstała "Dorothea" (40 armat), "Fuchs" (20 armat), "Morian", "Grosse Jacht", "Friedrich Wilhelm", "Wasserhund", "Weiβer Löwe" oraz "Maria Catharina". Ostatecznie, stocznia zostaje przeniesiona do Piławy (dziś Bałtijsk), gdyż Kołobrzeg okazał się za mały na stocznię, ale także na zlokalizowane tu instytucje morskie.


Obraz Lieve Verschuir z brandenburską flotą wojenną. Widoczne 3 okręty zbudowane w Kołobrzegu, na pierwszym palnie od lewej: "Friedrich Wilhelm", "Grosse Jacht", "Dorothea".