Obiekt powstał w 1832 r. jako kościół garnizonowy. Jeszcze w XIX w. po obu stronach Parsęty rozmieszczone były różne budynki koszarowe. Ich kres nastąpił dopiero po likwidacji twierdzy (rozkaz cesarza Wilhelma I z roku 1872); część obiektów rozebrano, innym nadano nowe funkcje. 

Tak przestały istnieć koszary artylerii (Pladderkaserne), usytuowane na placu obecnej wystawy plenerowej Muzeum Oręża Polskiego i ul. Rzecznej. Inne budynki koszarowe oraz lazaret na rogu ul. Rzecznej i Łopuskiego zostały zniszczone podczas walk o Kołobrzeg w 1945 r. (do dziś, oprócz kościółka, z dawnego układu zachował się areszt wojskowy – obecnie zbór Świadków Jehowy, a także kuźnia). Do kościółka w okresie późniejszym dobudowano obiekty Konwentu dla Panien, w tym samym stylu i o tej samej fakturze.

W II połowie 1945 r., po przejęciu miasta z rąk radzieckich przez władze polskie, o pozyskanie kościoła rozpoczął starania ojciec Polikarp Maciejowski, który przybył do Kołobrzegu najprawdopodobniej na początku lipca 1945 r. Wszystkie obiekty sakralne były bardziej lub mniej zniszczone. Dlatego franciszkanin wybrał kościółek nad rzeką – najmniej uszkodzony, tym bardziej, że budynki po konwencie idealnie nadawały się na klasztor. Władze wydały zgodę na przejęcie obiektu i pomagały w jego zagospodarowaniu. Kościół został poświęcony 12 sierpnia 1945 r.


Przez lata w zabytku przeprowadzono pewne zmiany. We wnętrzu, to oczywiste, niemal co dekadę ulegało zmianom wyposażenie wnętrza i układ obiektów ruchomych. Na zewnątrz, od strony południowej wykuto drugi portal (obiekt posiada 2 portale od południa i jeden główny od zachodu), a później, od wschodu dobudowano zakrystię i dodatkowe pomieszczenia niezbędne do pracy duszpasterskiej.

W latach 50-tych, patronem parafii został św. Marcin, w nawiązaniu do dawnej katolickiej parafii św. Marcina, utworzonej przed wojną i rozbudowaną przez Polaków, a także do kościoła św. Marcina, rozebranego wbrew protestom i staraniom katolików w 1956 r. Warto dodać, że 17 lutego 1957 r. odbyło się zebranie parafialne w sprawie rozbudowy kościoła, gdyż jego wnętrze, wobec stale rosnącej liczby parafian i podnoszącego się z ruin miasta, było niewystarczające dla potrzeb kultowych. Zastanawiano się, czy rozbudować i powiększyć kościół parafialny, który w przyszłości i tak nie byłby wystarczający, i nie wytrzymałby konkurencji olbrzymiej kolegiaty, czy rozpocząć odbudowę prezbiterium największego w mieście obiektu sakralnego. Projekt rozbudowy został poddany pod dyskusję parafian. Zdecydowano, aby rozpocząć odbudowę kolegiaty.

Parafię do 1972 r. prowadzili franciszkanie. Po utworzeniu diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej, świątynię przejął kler diecezjalny. W 1994 r. parafia św. Marcina utraciła samodzielność na rzecz unii personalnej z parafią mariacką. Obiekt stał się kościołem rektoralnym przy tworzonym Domu Księży Emerytów. 27 lutego 2001 r. parafia św. Marcina została reaktywowana, a kaplicą parafialną stał się obiekt na terenie dawnej protestanckiej parafii św. Mikołaja przy ulicy Portowej.

Kościół nad Parsętą wraz z domem parafialnym i Domem Księży Emerytów jest wpisany do rejestru zabytków pod numerem 1215. Neogotycki kościół został zbudowany na planie prostokąta z zakończonym od wschodu trójbocznie prezbiterium. Od strony zachodniej, z dachu wystaje wieżyczka z dzwonem. Od zachodu elewacja obiektu jest podzielona pionowymi liniami na trzy nawy. To złudzenie. We wnętrzu jest jedna nawa, wyraźnie jednak podzielona emporami. Wstawienie balkonów zadecydowało o tym, że światło do kościoła ze ścian bocznych dociera przez dwa poziomy okien. Empory w obiekcie są niezbędne, bowiem dzięki nim, w kościele może zmieścić się więcej wiernych.

W kościele nie ma zabytków, poza dzwonem, który został odlany w 1898 roku i jest drugim najstarszym dzwonem w Kołobrzegu, po dzwonie ze środkowego hełmu bazyliki (1895 r.). Pewną wartość historyczną i artystyczną przedstawia krucyfiks w wejściu głównym, stacje drogi krzyżowej i niektóre obrazy z połowy XX wieku w większości umieszczone na emporach.

W obiekcie znajdują się organy. Pierwszy, 13-głosowy instrument z pneumatyczną trakturą gry, został zainstalowany w 1947 roku. Uroczyście poświęcono go 21 grudnia 1947 roku. W 1961 roku prace remontowe przy organach przeprowadził Fabian Jarzymowski, organmistrz z Gdańska. Wystrojono wszystkie głosy, uruchomiono 2 głosy, których traktura była uszkodzona, wymieniono pogięte piszczałki oraz wstawiono nową, większą dmuchawę. W marcu 1968 roku rozpoczął się kapitalny remont i przebudowa organów. Prace przeprowadzili organmistrzowie z Kartuz: Ryszard Plenikowski i Józef Adamczyk. Nowy, 14-głosowy instrument został poświęcony 23 czerwca 1968 roku. Te organy przetrwały do dzisiaj.

Po tym, jak w 1994 r. kościół utracił status świątyni parafialnej, został zapomniany. Pierwszym dyrektorem Domu Księży Emerytów został ksiądz Jerzy Urbański. W ciągu 9 lat w kościele nie przeprowadził prawie żadnych prac. Za to duże zainteresowanie zarówno księdza dyrektora jak i ówczesnego ordynariusza koszalińsko-kołobrzeskiego – biskupa Mariana Gołębiewskiego, skupiło się na budynku dawnego konwentu i jego możliwościach biznesowych: hotelowych lub innych, w połączeniu z Domem Księży Emerytów.

Sytuacja uległa zmianie, gdy dyrektorem DKE został ksiądz Ryszard Kizielewicz. To on energicznie przystąpił do prac remontowych. Wnętrze kościoła zostało pomalowane, stolarka empory i sklepienie zostały pozbawione kilku warstw farby olejnej i polakierowane. Odnowiono ławki i posadzkę, do okien wstawiono witraże. Na zewnątrz odświeżono mury świątyni, wykonano nowe schody w portalu głównym oraz wstawiono witraż do rozety. Obecnie trwa wymiana parkietu na emporach. W obiekcie przydałby się jeszcze remont organów, które od wielu wielu lat nie przechodziły żadnego przeglądu i ich wartość muzyczna jest obecnie bardzo niska.

Obecnie, Dom Księży Emerytów jest wygaszany, a kościółek został włączony do Parafii Mariackiej.

Nowy kościół garnizonowy pod wezwaniem św. Macieja został oddany do użytku w 1996 roku (obecnie ul. św. Macieja). Długoletnim kapelanem jest ksiądz komandor porucznik Witold Kosiński. W latach 1964 – 1972 był uczniem szkół podstawowych w Grabowcu i Łubinie Kościelnym. Po zdaniu matury w 1976 r. rozpoczął naukę w Wyższym Seminarium Duchownym w Drohiczynie, lecz na samym początku została ona przerwana przez powołanie do odbycia zasadniczej służby wojskowej. 29 czerwca 1983 r. przyjął święcenia kapłańskie z rąk biskupa Władysława Jędruszuka. Do 1990 r. pełnił posługę kapłańską w parafiach diecezji drohiczyńskiej: Topczewo, Siemiatycze, Ostrożany oraz pracował jako notariusz w kurii. Następnie został skierowany na misje na Białoruś, gdzie w Kobryniu, Beździeżu i Siechniewiczach wspólnie z parafianami odbudował trzy kościoły. W latach 1976–1977 odbywał służbę wojskową w Bartoszycach, a dwadzieścia lat później w 1997 r. przeszedł do Ordynariatu Polowego, gdzie objął swoją pierwszą parafię wojskową w Grudziądzu. Później była parafia w Siemirowicach, a po trzech latach trafił do Kołobrzegu.

Kościół garnizonowy, 1945 rok.
Wnętrze kościoła garnizonowego, lata 50-te.
Kościół garnizonowy od strony ul. Katedralnej, 2013 rok.
Dom Księży Emerytów, skrzyżowanie ul. Katedralnej i Rzecznej, 2013 rok.
Kościół garnizonowy, 2006 rok.
Kościół garnizonowy, od strony podwórka, 2006 rok.
Wnętrze kościoła garnizonowego, 2006 rok.
Wnętrze kościoła garnizonowego, widok w kierunki empory organowej, 2006 rok.
Ksiądz komandor porucznik Witold Kosiński, 2011 rok.
Kościół garnizonowy p.w. św. Macieja.



Posłowie Czesław Hoc i Marek Hok odsłaniają tablicę poświęconą ofiarom katastrofy smoleńskiej w kościele garnizonowym, 2011 rok.